Plan restitué de l'abbatiale carolingienne
Cryptes Plan restitué de l'abbatiale carolingienne
Avant-nef Nef Plan restitué de l'abbatiale carolingienne  
LA RECONSTRUCTION CAROLINGIENNE (IXe siècle)
vec les Carolingiens la basilique funéraire de Germain devenue église d'une communauté monastique est sous la protection royale.

Charles le Chauve roi de Francie occidentale (843-877) témoigne tout particulièrement de son attachement à l'abbaye auxerroise. Il lui accorde des diplômes pour garantir son patrimoine foncier et veille à préserver ses privilèges.

Le roi fait aussi de fréquents séjours dans le monastère de Germain et manifeste une grande vénération pour le corps du saint évêque.
Il assiste par deux fois (841 et 859) à la translation des précieuses reliques à l'occasion de la construction d'une nouvelle crypte entreprise par son oncle Conrad qui voulait ainsi remercier Germain d'avoir contribué à sa guérison.
Le règne de Charles le Chauve est pour l'abbaye un temps d'apogée architectural et intellectuel dont témoignent la crypte de Conrad, les productions manuscrites de l'école monastique d'Auxerre ou encore le récit des Gestes des évêques de la cité entrepris par les chanoines de la cathédrale à la même époque.