Plan de l'abbaye vers 1700 (AD Yonne, H 1033)
CRISES ET RENOUVELLEMENTS
(XVIIIe - XIXe siècles)
LAÏCISATION ET RESTRUCTURATION
u moment de la Révolution, Saint-Germain subit le sort de tous les domaines ecclésiastiques.

L'abbaye, vendue comme bien national, voit sa communauté régulière démantelée.

Au début du XIXe siècle, naît un projet d'aménagement de l'ancien espace ecclésial en hôpital.

L'avant-nef et les trois premières travées de la nef sont démolies en 1811 pour permettre la réalisation d'une esplanade utilisée comme nouvel accès monumental à l'hôpital.

Seule la tour Saint-Jean au sud de la façade est épargnée. L'espace rasé entre la tour et la nef gothique restent sous cette forme jusqu'à aujourd'hui.