Plan restitué de l'abbatiale
RÉNOVATIONS MÉDIÉVALES
L'ABBATIALE GOTHIQUE (XIIIe - XIVe siècles)

n 1215 l'évêque d'Auxerre Guillaume de Seignelay avait fait raser la cathédrale romane Saint-Étienne à l'exception de la crypte pour y bâtir comme c'était alors le cas dans nombre de villes du royaume, un édifice plus vaste et plus haut, grâce aux nouvelles techniques de l'art gothique. Avec quelques retards sur leurs confrères canoniaux, les moines de Saint-Germain décident eux aussi de jeter les fondations d'une nouvelle abbatiale (fin XIIIe - XIVe siècles).

L'ancienne menace en effet ruine, au moins dans sa partie orientale à cause de son âge, mais aussi parce qu'elle a été la proie de plusieurs incendies, si bien qu'il est à l'époque devenu impossible d'y célébrer l'office.

Les travaux commencèrent en 1277 par la déposition de l'autel majeur et se poursuivirent pendant plusieurs décennies.

L'église actuelle témoigne de cette reconstruction qui s'installe au dessus de la crypte carolingienne de Conrad.