Plan restitué de l'abbatiale
RÉNOVATIONS MÉDIÉVALES
L'ABBATIALE ROMANE (XIe siècle)
a fin du Xe et le XIe siècle sont pour Saint-Germain un temps de restructuration. L'observance et la rigueur monastique sont rétablies grâce à la réforme insufflée dès les années 986 par l'abbé de Cluny Maïeul et son disciple Heldric appelés à Auxerre pour restaurer la discipline et l'ordre régulier.

Le renouveau abbatial s'accompagne d'une récupération des possessions foncières et du rétablissement d'une communauté conventuelle.

La réforme dynamise le monastère qui voit affluer les donations et rayonne sur tout l'ouest bourguignon. Cet essor favorise la reconstruction de l'église abbatiale entreprise dans la première moitié du XIe siècle. Le nouvel édifice développe le principe des voûtements de pierre dans son avant-nef grâce à des piliers cruciformes qui soutiennent à chacun de leurs ressauts la retombée des voûtes d'arêtes et des arcs doubleaux. Ce système architectural se développe particulièrement à partir du milieu du XIe siècle.
D'après des dessins du XVIIIe siècle, des décors de frises et de motifs géométriques semblent orner par endroits les élévations extérieures de l'abbatiale tandis qu'une tour marque le nord de la façade occidentale.

Celle qui s'élevait en symétrie au sud a disparu dans les reconstructions suivantes.